Основная специализация клиники — реабилитация и паллиативная терапия в неврологии и онкологии. На базе Юсуповской больницы функционируют пять клиник:

• клиника неврологии
• клиника онкологии
• клиника терапии
• клиника реабилитации
• клиника лечения зависимостей
• клиника хирургии

В структуру больницы также входят поликлиническое отделение, комфортный стационар, отделение реанимации и интенсивной терапии, диагностический центр.